Впервые подводные лодки как новый разряд кораблей, еще не получивший официального признания, приняли участие в боевых действиях в русско-японской войне. В октябре 1904 года четыре подводные лодки были доставлены по железной дороге во Владивосток, что позволило уже к концу лета 1905 года сформировать из них отряд численностью в 10 единиц под командованием лейтенанта А.В. Плотто.
Наличие русских подводных лодок в составе сил, предназначенных для обороны Владивостока, заставило противника отказаться от действий против русской военно-морской базы.
Формирование первого соединения подводных сил — бригады подводных лодок в составе Балтийского флота — относится к 1911 году. Бригада базировалась в Либаве и состояла из 11 подлодок, плавучих баз «Хабаровск» и «Европа».
В ходе Первой мировой войны (1914-1918) подлодки использовались для борьбы на морских коммуникациях. К концу войны сформировался самостоятельный род Флота — Подводные силы, который мог решать задачи как тактического, так и оперативного характера.
С 1930 по 1939 год флот СССР пополнился 20 большими, 80 средними, 60 малыми подводными лодками и 20 подводными минными заградителями. В начале Великой Отечественной войны четыре флота включали 212 подводных лодок. Все подводные лодки были сведены в бригады, дивизионы и группы. Управление ими возлагалось на командующего флота, руководство же боевой и повседневной деятельностью осуществлялось подводным отделом флота. Военный совет флота определял задачи подводных лодок и районы их боевых действий.
Процесс внедрения на подлодки в 50-е годы прошлого столетия ядерных энергетических установок стал важным переломным событием в истории советского ВМФ — была достигнута неограниченная автономность плавания.
17 декабря 1958 года в Северодвинске состоялась церемония подъема Военно-морского флага на первой отечественной атомной подводной лодке К-3, а через 10 лет ВМФ располагал уже более чем 50 атомными подводными лодками.
В 1960 году началось серийное строительство ракетных подводных крейсеров стратегического назначения, первые из которых вошли в состав ВМФ в 1967 году.
В конце 1950-х годов началось несение советскими подводными лодками боевой службы в удаленных районах Мирового океана. Первоначально в Средиземное море была направлена группа из четырех подводных лодок, через год их количество выросло в 3 раза. Начиная с июля 1967 года, эскадра кораблей ВМФ СССР стала действовать в этом районе на постоянной основе.
Одновременно советскими подлодками осваивались и другие районы Мирового океана. Так, летом 1962 года атомная подводная лодка «Ленинский комсомол» совершила первый в истории флота поход подо льдами Арктики к Северному полюсу и осуществила там всплытие. В 1963 году арктические подледные переходы с Северного флота на Тихоокеанский флот выполнили торпедные и ракетные атомные подводные лодки. Одновременно советские подлодки осваивали районы Атлантики, Тихого океана, а также Филиппинское и Южно-Китайское моря.
Говоря о деятельности советских подводных сил в годы глобального противостояния, необходимо отметить большие масштабы их участия в мероприятиях оперативной подготовки. Так, в ходе учения «Океан-80» в Атлантике действовали более 50 советских подводных лодок, в том числе 21 ракетный подводный крейсер стратегического назначения.
Основу современных Подводных сил ВМФ России составляют атомные стратегические и многоцелевые подводные лодки, вооруженные баллистическими ракетами морского базирования и крылатыми ракетами.
Сегодня субмарины различных классов продолжают нести боевое дежурство и боевую службу в рамках системы обеспечения национальной безопасности России.
Наличие современного подводного флота позволяет России оставаться в числе крупнейших морских держав. Поэтому строительство подводных лодок в нашей стране продолжается и сегодня.
10 января 2013 года был передан Военно-Морскому Флоту России головной атомный подводный ракетоносец нового поколения «Юрий Долгорукий».
АПЛ «Юрий Долгорукий» является головной в проекте «Борей» и спроектирована Центральным конструкторским бюро морской техники «Рубин».
В конструкции АПЛ проекта «Борей» применены новейшие достижения в создании корабельных радиоэлектронных средств, а также уникальные технические решения, улучшающие гидродинамику корпуса и значительно снижающие шумность.
В настоящее время на судостроительном заводе «Севмаш» ведутся работы еще по трем субмаринам данного проекта: «Александр Невский», «Владимир Мономах» и «Князь Владимир».
Подводные крейсеры этого типа призваны стать основой морских стратегических ядерных сил России на ближайшие десятилетия.
